雷克雅未克由870年起就成为人们聚居的一个居民点，根据历史记载，该地第一批常住居民是来自斯堪的纳维亚国家的人。由于雷克雅未克地热能源丰富，盛产温泉，故此城市上空经常濔漫着如雾的水汽，当地人以为水汽是烟，所以便将此地命名为雷克雅未克，冰岛语意指“冒烟之湾岸”。

历史上，雷克雅未克分别曾隶属于挪威与丹麦辖下。1752年，丹麦国王决定于该地发展工业，以推动当地的经济。此后，制棉工业、捕鱼、农业及造船业都分别于雷克雅未克逐渐发展起来。1798年，当地议会开始运作，而于1801年则成为了主教驻地。

二次大战初期，英美两国多次向身为中立国的丹麦要求于雷克雅未克建立基地以应付欧洲战事的需要，但都多次被拒。直至1940年4月丹麦被纳粹德国占领后，冰岛同丹麦的联系被切断，冰岛宣布行使外交权和军事防御权。5月10日英国出兵占领了冰岛，四艘战舰到达了雷克雅未克并于当地的码头停泊，数小时后，由于当地居民并不抗拒同盟国。故此雷克雅未克于二战后期便成为了英、美两国的其中一个驻扎点。1941年7月8日，冰岛与美国签订《战时防务条约》，美军代替英军进驻冰岛。1944年6月17日，冰岛自丹麦独立，雷克雅未克被定为首都。