洪都拉斯现行宪法于1982年1月20日生效。宪法规定，洪都拉斯实行共和、民主和代议制。国民议会为最高立法机构。总统是国家元首和政府首脑和武装力量最高统帅，执掌国家行政权。内阁是政府行政机构，由总统直接领导。
修宪

总统塞拉亚不理会最高法院、军方、国会及执政党内部反对，坚持于2009年6月28日举行全民公投，询问选民是否同意在2009年十一月总统选举期间，就成立制宪大会修改宪法使总统任期得以连任，同时举行正式公投，由于先前军方已拒绝运送公投票匦，于公投一小时前发动军事政变，军方集结上百名士兵到总统官邸逮捕总统塞拉亚，将他押往首都特古西加尔巴市郊一座空军基地，随后军方派遣专机将塞拉亚放逐至哥斯达黎加。
2009年6月27日洪都拉斯首都特古西加尔巴，洪都拉斯总统塞拉亚就即将开始的全民公投举行新闻发布会。此次公投是由洪都拉斯总统塞拉亚倡导的，并将根据本次公投的结果决定是否修改洪都拉斯宪法，最终使总统连任在宪法框架内成为可能。但公投决定刚刚公布，就遭到来自反对党、军方和司法部门的强烈反对和质疑，并引发了示威活动。
2009年6月28日，在洪都拉斯首都特古西加尔巴，士兵包围总统府。洪都拉斯总统私人秘书雷纳当天说，曼努埃尔·塞拉亚总统当天被军方扣押表明洪都拉斯已经发生军事政变。洪都拉斯总统塞拉亚的私人秘书雷纳28日向新华社记者证实，塞拉亚当天早晨在总统官邸被军方扣押，并被带往位于首都特古西加尔巴郊区的空军基地并强行送到哥斯达黎加。随后将塞拉亚驱逐出境。随后，议长米凯莱蒂宣誓就职代总统。委内瑞拉总统查韦斯28日谴责洪都拉斯军方发动政变扣押总统塞拉亚。
28日，美洲国家组织就洪都拉斯局势召开紧急会议。欧盟成员国外长28日发表声明，谴责洪都拉斯军方逮捕总统塞拉亚"违反了洪都拉斯的宪法秩序，不可接受"。欧盟呼吁洪都拉斯军方立即释放塞拉亚，并使国家迅速回到正常状态。
29日，洪都拉斯临时总统米凯莱蒂宣布，28日和29日两天在全国实施宵禁。洪都拉斯临时总统米凯莱蒂28日晚间宣布，撤销洪都拉斯外长罗达斯的职务，并任命恩里克·奥尔特斯· 科林德雷斯为新外长。
阿根廷总统府30日宣布，阿根廷总统克里斯蒂娜于2009年7月2日陪同被驱逐的洪都拉斯总统塞拉亚返回洪都拉斯，恢复行使总统合法职权。
洪都拉斯临时总统米凯莱蒂30日说，他于2009年7月1日派遣代表团前往位于美国首都华盛顿的美洲国家组织总部，以谋求该组织对洪临时政府的支持。米切莱蒂在当天召开的新闻发布会上说，这一特别代表团由议员、律师、企业家和农民代表组成，将代表洪临时政府向美洲国家组织各成员国代表阐述“事情的真相”和洪临时政府的立场，同时还将向该组织秘书长因苏尔萨介绍洪都拉斯局势。
美洲国家组织秘书长因苏尔萨7月1日在华盛顿说，给予洪都拉斯军事政变领导人三天时间将政权交还给被罢免的总统塞拉亚。因苏尔萨在美洲国家组织特别会议后对媒体说，如果洪都拉斯政变领导人在72小时内不把权力还给塞拉亚，该组织将在7月4日就中止洪都拉斯成员国资格问题进行投票。因苏尔萨此前曾说，美洲国家组织不承认通过军事政变上台的洪都拉斯临时总统米切莱蒂的地位，并要求洪最高法院立刻无条件恢复塞拉亚的总统职务。