全国分为123个市镇。1994年进行了人口普查，有1,945,932人。面积25,333平方公里。1996以前全国分为30个区，1994年普查的数据也是按照这30个区提供的，但市镇是一级地方自治体。2002年开始进行的新的普查中，分全国为39个统计区（enumeration regions），但这仅仅是为了普查的需要。1994年普查分市镇的人口数据。2004年8月，马议会通过《新行政区划法》，将原有的123个市镇缩减为80个。2002年普查结果暂未详。 2005年人口统计，2034000人。
国名争议
“马其顿”是古希腊时期希腊北部的国家的名称，由亚历山大大帝统治的马其顿帝国曾经征服小亚细亚、波斯、埃及等地，把希腊文明传播到中东各地。至今希腊仍将其北部地区称为马其顿。希腊认为，由斯拉夫民族（马其顿斯拉夫族）所建立的国家无权使用属于希腊的名称作为国名。由于希腊所提出的抗议，世界上绝大多数国家以及联合国、欧盟、国际奥委会等国际组织均未承认“马其顿共和国”为国家名称，而将该国称为“前南斯拉夫的马其顿共和国”。全世界仅有约40个国家承认“马其顿共和国”本身使用的名称，包括中国、美国、俄罗斯、以及前南斯拉夫的其他联邦共和国。
马其顿共和国独立初期时，国旗上曾使用“维伊纳的太阳”（即十六道光芒的太阳）图案，由于该图案源于古希腊时期的马其顿国，希腊认为马其顿共和国无权在国旗上使用。同时由于马其顿宪法当中提及“关注邻国马其顿人的权益”，希腊认为这显示马其顿共和国意图干涉希腊北部的斯拉夫少数民族事务，甚至对希腊北部有领土扩张的野心。
由于以上原因，马其顿独立初期时，希腊雅典等地曾举行大规模示威，抗议马其顿共和国使用“马其顿共和国”的名称。希腊政府也于1994年2月开始向马其顿共和国进行经济封锁，重创马其顿共和国的对外贸易。马其顿共和国最终于1995年9月改换国旗以及修改宪法（新条文重申马其顿对邻国领土没有任何主张），之后希腊结束了经济封锁。虽然希腊、马其顿两国的经济联系日益加深，但国名问题至今仍未得出解决方案。